Loggor rfr
PCR-baserad diagnostik av fästingöverförd rickettsiainfektion som orsak till hjärnhinneinflammation, en retrospektiv undersökning | Ansökan
PCR-baserad diagnostik av fästingöverförd rickettsiainfektion som orsak till hjärnhinneinflammation, en retrospektiv undersökning
Diarienummer : RFR-25021
Ny ansökan RFR oktober 2008

Ansökan påbörjad av : Kenneth Nilsson, 2008-09-09

Yrkestitel vid ansökningstillfället : Överläkare

Arbetsplats vid ansökningstillfället : Avd för Klinisk Mikrobiolog Akademiska sjukhuset Uppsala samt Infektionskliniken o Mikrobiologen Fal

Senast ändrad/åtgärdad av : Marianne Omne-Pontén, 2009-03-03

Ansökan inkommen till : Regionala forskningsrådet i Uppsala- och Örebroregionen
Beslutad - beviljad, kostnadsställe redovisatBeslutad - beviljad, kostnadsställe redovisat
Sökanden: Kenneth Nilsson
Läkare, Avd för Klinisk Mikrobiologi Akademiska sjukhuset Uppsala samt Mikrobiologen Falu lasaret

A Övergripande projektinformation

Kön på huvudsökanden

man

Sammanfattning

De mest uppmärksammade och kända fästingöverförda sjukdomarna i Sverige är Borrelios, fästingburen virusencephalit, Erlichios och harpest. Problemen med fästingöverförd rickettsia-sjukdom är i Sverige dock fortfarande ouppmärksammade.
Vi påvisade för cirka 10 år sedan förekomst av en rickettsia bakterie (Rickettsia helvetica) i mellan 2-15 % av fästingar insamlade från olika områden i landet. Vi har visat att bakterien vid primär infektion efter fästingbett kan ge febertillstånd och varierande grad av symptom i form av muskelsmärtor, huvudvärk och hudutslag, i ett fall även en svårare septisk infektion med fynd av bakterien i blodet.
Vi har nyligen även från en på infektionsklinik inneliggande patient med laborativa och kliniska tecken på hjärnhinneinflammation med molekylärbiologiska metoder (PCR, serologi) påvisat bakterien och styrkt en för aktuell infektion typisk antikroppsutveckling. Från samma patient har vi även odlat fram rickettsia bakterien från ryggmärgsvätskan vilket slutligen bevisar att bakterien är invasiv och kan ge svåra infektionstillstånd. (inskickat för publikation). Ett barn med motsvarande klinik och PCR positivitet men ej odlingsverifierat fynd har analyserats och skall rapporteras.

För att få en mer samlad kunskap om rickettsia bakteriens benägenhet att ge hjärnhinne-inflammation så har vi inventerat de material av likvor som finns insamlade och sparade
på Infektionskliniken i Uppsala samt avdelningarna för klinisk Mikrobiologi i Uppsala och Falun. Materialet representerar till stor del patienter med sjukdomssymptom och fästingexposition i anamnesen men även patienter med hjärnhinneinflammation utan känd fästingkontakt. Genom Barnkliniken Falu lasarett så skall ett motsvarande via Linköpings universitet insamlat material på en barnpopulation också undersökas.
Tillståndet går att behandla men kan obehandlat leda till allvarliga konsekvenser och bestående men.

För att få en bättre uppfattning om smittrisk efter fästingbett så kommer även ett redan insamlat material av blodprover på fästingbitna patienter att screenas serologiskt

Det huvudsakliga laborativa arbetet kommer att göras på Mikrobiologen i Uppsala och i Falun. Metoderna baseras främst på molekylärgenetisk (PCR) teknik för detektion och art specifikation men även serologisk metodik (mikroimmunofluorescens, Western blot). Möjlighet finns även för isolering. En metodologisk bas finns redan upparbetad och etablerad i projektet.


Medarbetare/Medsökande

Kåre Bondeson
Läkare, Akademiska sjukhuset
Länstillhörighet:
Uppsala
Projektledning:
medansvar
Patientrekrytering:
ansvarar för det likvormaterial som insamlats via Virologen UAS
Arbetsenhet:
Institutionen för medicinska vetenskaper, Klinisk virologi, Akademiska sjukhuset, Uppsala
Barbro Hedin Skogman
Läkare, Barn- och ungdomsmedicinska kliniken, Falu lasarett
Länstillhörighet:
Dalarna
Projektledning:
medansvarig i delprojekt
Patientrekrytering:
ansvarig för ett tidigare insamlat likvormaterial på barn i samarbete med Linköpings universitet
Arbetsenhet:
Barnkliniken, Falu lasarett
Karin Elfving
Annan tjänstetitel, Mikrobiologen, Falu lasarett
Länstillhörighet:
Dalarna
Projektledning:
arbetar i ett doktorandprojekt med under handledning stort eget laborativt ansvar liksom ansvar för sammanställning och resultatredovisning. Delar av den serologiska undersökningen ingår i Karins doktorandprojekt med huvudsökande som huvudhandledare
Patientrekrytering:
nej
Arbetsenhet:
Avd för Klinisk Mikrobiologi, Falu lasarett Registrerad vid Institutionen för medicinska vetenskaper, Klinisk Bakteriologi, Uppsala universitet
Anders Lindblom
Läkare, Smitskyddsenheten, Falu lasarett
Länstillhörighet:
Dalarna
Projektledning:
delansvar påbörjat ett doktorandprojekt där bl.a barnmaterialet från Linköping ingår. Kommer att registreras med huvudsökanden som huvudhandledare.
Patientrekrytering:
nej (inte avseende dessa material)
Arbetsenhet:
Smittskyddsenheten, Falu lasarett, Falun
eva hjelm
Annan tjänstetitel, Akademiska sjukhuset/ klinisk mikrobiologi
Länstillhörighet:
Uppsala
Projektledning:
medansvar och bihandledare till Karin Elfving
Patientrekrytering:
delansvar för det serum material som insamlats på Mikrobiologen, Akademiska sjukhuset.
Arbetsenhet:
Avd för Klinisk Mikrobiologi, Akademiska sjukhuset, Uppsala.
Göran Friman
Läkare, Institutionen för medicinska vetenskaper, Infektionssjukdomar, Uppsala
Länstillhörighet:
C
Projektledning:
delaktig
Patientrekrytering:
ansvar för ett av de tidigare insamlade likvormaterialen
Arbetsenhet:
Inst.för medicinska vetenskaper, Infektionsmedicin. Akademiska sjukhuset, Uppsala.

Handledare

Björn Olsen
Läkare, Infektionskliniken, Akademiska Sjukhuset, Uppsala

Utbildning

doktorandutbildning

Översikt av projektorganisation

  namn handledar-insats projekt-ledning datain-samling data-analys medför-fattare länstill-hörighet
medarb 1Kåre Bondeson medansvarnejjajaC
medarb 2 Barbro Hedin Skogman medansvarjajajaW
medarb 3Karin Elfving medansvarjajajaW
medarb 4Göran Friman medansvarjajajaC
medarb 5Anders Lindblom medansvarjajajaW
medarb 6Eva Hjelm medansvarjajajaC

Projektstart

2009-01-01

Beräknat projektslut

2010-05-01

B Projektbeskrivning

Bakgrund

Den i Sverige förekommande fästingen Ixodes ricinus är varje år indirekt ansvarig för spridning av ca 10000 fall av den bakteriella sjukdomen Borrelios, mer än 130 fall av fästingburen virus encephalit (TBE) men sprider även Erlichios, Q-feber, tularemi (harpest) och Babesios bland människor och tamdjur
Rickettsia helvetica, en spotted fever rickettsia, har enbart isolerats från Ixodes fästingar och upptäcktes första gången 1979 i Schweiz(1). Fästingen är både en potentiell vektor och naturlig reservoir av rickettsia bakterien och organismen har även påvisats hos Ixodes fästingar i flera Europeiska och även Asiataiska länder(2-5). I Sverige har mellan 2 – 15% av undersökta fästingar från olika delar av landet rapporterats infesterade(6). Patienter med en serologiskt baserad diagnos med en påvisad antikroppsstegring har ofta uppvisat ett övergående influensaliknande febertillstånd.. muskelsymptom och ibland även hudutslag(7)men bilden kan se annorlunda ut och även ett allvarligt akut septiskt febertillstånd har av oss nyligen beskrivits där bakterien med PCR påvisades i blodet(8).
Serologiska studier har demonstrerat antikroppar hos mellan 1,9-12.5% av befolkningen i Laos, Frankrike, Laos, Danmark och Sverige (9-12). Från att ha betraktats som en organism som inte är sjukdomsframkallande så håller bilden på att förskjutas till en bakterie som ger både akuta men oftast övergående symptom till mera långdragna kroniska tillstånd. Exempel på det senare är ett dokumenterat och numera accepterat samband med kronisk perimyocardit(13).
Vi diagnostiserade nyligen även Rickettsia helvetica som orsak till en långdragen och besvärlig hjänhinneinflammation hos en på infektionsklinik inneliggande patient. Förutom påvisande med molekylärbiologiska metoder kunde även bakterien isoleras och odlas fram på cellkultur(14. Ett liknande fall hos ett barn där bakterien påvisades med PCR och serologi
men ej isolerats är under sammanställande för publikation och vi har ytterligare fynd som ger indikationer på fler fall men behöver bearbetas och verifieras ytterligare.
Andra spotted fever rickettsior (R. rickettsii, R. africae och R. japonica) har i enstaka fall rapporterats kunna ge liknande infektioner där både centralnervösa och perifera neurologiska manifestationer har beskrivits(10,15,16). Någon mera systematisk, omfattande undersökning i vilken grad eller omfattning neurologiska manifestationer förekommer är dock inte gjord.

Rickettsios som möjlig orsak till hjärnhinneinflammation är i dagsläget ingen eftersökt orsak eller normalt diagnostiserad åkomma vilket innebär att patienter med den infektionen inte får adekvat diagnos och behandling. Infektionen förekommer men hur vanlig
den är behöver undersökas och förstås. Vi vet dock redan nu att obehandlade eller felbehandlade patienter kan få bestående men till följd av detta.

Det får därför betraktas som angeläget att klarlägga hur vanlig denna infektion är som orsak till hjärnhinneinflammation och även hur stor smittrisken är efter föregående fästingbett. För att besvara dessa frågor är det av vikt att de i regionen befintliga och tillgänglia likvor och serum materialen används och utvärderas för att få tillräcklig säkerhet i resultat och bedömning.

Om resultaten från denna undersökning motiverar en fortsättning så finns både på infektionskliniken i Falun och i Uppsala prospektiva studier av patienter med fästingfeber förberedda.

Syfte/frågeställning/hypotes

Rickettsia-infektion som orsak till hjärnhinneinflammation respektive smittrisk efter föregående fästingexposition avses undersökas retrospektivt hos redan insamlade likvor- och serum-material representerande nedanstående grupper. De flesta av materialen är redan analyserade med avseende på flera andra bakteriella och virala agens som Borrelia, TBE, herpes och enterovirus.

A/
Hur vanlig är rickettsia infektion som orsak till hjärnhinneinflammation?
Likvor
A-1/ vuxna patienter provtagna med anledning av kliniska och laborativa tecken på hjärnhinneinflammation med eller utan känd fästingexposition(innefattar både Borrelia-positiva och negativa fall.(insamlat under senaste 2 åren)
A-2/ vuxna patienter med tecken på hjärnhinneinflammation och lätt cellstegring utan verifierat agens.(insamlat under -80 och 90-talet)
A-3/ barn med tecken på hjärnhinneinflammation utan verifierat agens (Linköpingsmaterial)

B/
B/a)Hur stor är smittrisken efter föregående verifierat eller sannolikt fästingbett?(B1-3)
b)hur ser det immunologiska svaret inkl. antikroppskinetik ut i relation till
infektionsförloppet (ffa B3)
c)hur ser symptombild och förlopp ut hos patienter som serokonverterat?
Serum
B-1 patienter med ”symtom efter fästingbett” men negativ Borrelia-serologi
B-2 patienter med ”symptom efter fästingbett” och positiv Borrelia-serologi (ger möjlighet att bedöma co-infektioner)
B-3 patienter med feber efter föregående fästingbett (insamlat i Sydsvenska Borreliastudien)
Prevalens, symptombild och laborativa fynd kommer i möjligaste mån att beskrivas liksom utfall och diagnosiska möjligheter med PCR- och serologisk diagnostik.
B-1 o B-2 insamlade under senaste 5 åren och B-3 kring sekelskiftet.

Vår hypotes är att Rickettsiinfektioner som orsak till hjärnhinneinflammation och till fästingfeber är en underdiagnostiserad och underbehandlad åkomma.

Design och urval (ex. urval, gruppindelning)

Urval och genomförande (siffrorna hänvisar till motsvarande frågeställningar)

Likvor
A-1/1 via virologen UAS har ca 600 liquorprover från patienter som provtagits på misstanke om hjärn-/hjärnhinneinflammation tillvaratagits
A-1/2 ett motsvarande likvor material om ca 250 likvorprover finns insamlat på Mikrobiologen Falu lasarett.
A-2 ca 70 likvorprover från patienter med laborativa tecken på hjärn-/hjärnhinneretning
finns insamlat på Infektionskliniken UAS.
A-3 i samarbete med barnkliniken Falu lasarett(B H-Skogman) och Linköpings universitet
skall ett mtrl (liquor,serum o om möjligt även buffy coat) från ca 175 barn med tecken på CNS-infektion men negativ agens utredning analyseras.

materialen ger tillsammans en bild av risken för hjärnhinneinflammation efter känd eller sannolik fästingexposition.
Hos de patienter som är positiva och även lämnat blodprov kommer även serologiska svaret att undersökas. Studien kan vid behov utvidgas för att även klarlägga symptombilden genom journalgenomgångar

Detektionen baseras på PCR

Serum
B-1 ca 300 infrysta serum (UAS o Falun) analyseras för antikroppsdetektion och serokonversion med serologi (MÍF) och vid positivitet även Western Blot (WB),
B-2 ca 250 prover enligt ovan
B-3 Sydsvenska borreliastudien (Uppsala/Kalmar) utgörs av ca 200 patienter som selekterats fram på klinisk misstanke om fästingfeber och provtagits dag 1,30 resp efter 6 månader vilket ger möjlighet att studera serokonversion, klinisk bild och antikroppskinetik. Varje patients sjukhistoria finns dokumenterad.

Alla 3 materialen ger på olika sätt en bild av smittrisk, serokonversion, typ av antikroppssvar och klinisk bild.

Metod och datainsamling/ -bearbetning

Metoder som vi arbetar med
DNA-extraktion
a) extraktionen sker i MagnPure extraktionsrobot enligt protokoll
b) vävnadsmaterial förbehandlas i ”Magnalyser” vilket ökar utbytet av extraherat DNAx 4-10.(dock ej aktuellt i denna studie)

PCR
a) ”konventionell” nested-PCR finns optimerad för två gener (17kDa och Omp B)med möjlighet till detektion på nivån 10-50 kopior per mikroliter(16,17)
b) Realtids-PCR baserad på Taqman-probe med känslighet 1-10 kopior per mikroliter finns i bruk med mycket hög specificitet och sensitivitet samt möjlighet till kvantifiering av DNA-mängden i provet (18).

Sekvensering – av amplifierad produkt sker i samarbete med KI-Seq, Solna

RAPD (Random amplified polymorphic DNA analysis)
PCR metodik med möjlighet att påvisa genetisk variation mellan olika stammar.

MIF (mikroimmunofluorescence)
”golden standard” för serologi. Bakterien har isolerats från inhemsk fästing, odlats på cellkultur och i samarbete med Smittskyddsinstitutet har metoden av oss standardiserats och används som serologisk basmetod vid seroprevalensstudier.

WB (Western blot)
används i första hand som konfirmationsmetod för antikroppssvaret och
verifiering av specifik infektion. För att öka känsligheten arbetar vi förutom med infärgningar även med luminiscensteknik som ökar känsligheten. I samarbete med Mälardalens Högskola, som tillhandahåller percoll renat antigen, finns även möjlighet till 2D-WB (ger en hög upplösning av proteinbandet).

Odling
rickettsian odlas på cellkultur(Veroceller) och metoden finns i bruk på Avd f Klinisk Mikrobiologi UAS samt Mälardalens Högskola.

Material
Likvormaterial (A 1-3) kommer alla att analyseras med realtids PCR primärt. Vid positiva fynd används den konventionella PCR tekniken för amplifiering av produkt för sekvensering och speciesbestämning
Patient med positiv PCR kommer också att testas för antikroppsförekomst i serum och likvor.
Om förutsättningar för isolering på Veroceller bedöms föreligga kommer även försök att isolera bakterien att göras.

Serummaterial (B 1-3) kommer alla att primärt screenas i titer 1/20 och vid positiv reaktion titreras till högre titrar. Om 1/20 visar sig för låg som sållningstiter väljes antingen en högre titer som sållningstiter eller två spädningar per prov för att sålla ut de som bör titreras vidare. Titer 1/80 och högre betraktas normalt som säkert positiv.
Säkert positiva serum kommer också att undersökas med WB för att se mot vilka epitoper man utvecklar sitt antokroppssvar och hur antikroppssvaret varierar med tiden i infektionsförloppet. Det senare har betydelse för tillförlitligheten och tolkningen av den serologiska diagnostiken.

Studiens genomförande

Alla material finns redan insamlade.
DNA-extraktion, PCR-metoder och serologisk metodik finns optimerade och beprövade på Avd för Klinisk Mikrobiologi Falun. Motsvarande metoder är under införande i Uppsala på avd för Klin Mikrobiologi.
Karin Elfving, doktorand och projektanställd är den som i huvudsak gör metodanalyserna i Falun. I Uppsala planeras en motsvarande person projektanställas för det laborativa arbetet.
Huvudsökande har huvudansvaret för samordning av analyser och resultatsammanställning tillsammans med medarbetarna

Forskningsetiska överväganden

Inga patienter utsätts för några nya ingrepp eftersom undersökningarna utförs retrospektivt. Nyttan är begränsad för den enskilde patienten i nuläget men istället förskjuten till framtiden där ökad kunskap ger bättre möjligheter att diagnostisera och behandla liknande infektioner adekvat från början. Vid behov att att ta del av symptombild kommer tillstånd att inhämtas. För att minska eventuell oro hos dessa patienter så ges de möjlighet att vara delaktiga i resultaten och hur de skall tolkas

Etisk prövning

Ansökan till etikprövningsnämnden är gjord eller planeras
Diarienummer på beslut från etikprövningsnämnden
Dnr-01-429; Dnr 2007/085; Dnr 03-546;Dnr 01-133

Etisk prövning behövs ej

ej kryssad Ansvarig forskningsledare bedömer att etisk prövning ej behövs.

Referenser

1. Burgdorfer, W., A. Aeschlimann, O. Peter, S.F. Hayes, and R.N. Philip. 1979. Ixodes ricinus vector of hitherto undescribed spotted fever group agent in Switzerland. Acta Trop. 36:357-67.
2. Parola P, Raoult D. Ticks and tickborne bacterial diseases in humans: an emerging infectious threat. Clin Infect Dis 2001; 32: 897-928.
3. Nilsson K, Lindquist O, Liu AJ, Jaenson TGT, Friman G, Påhlson C. Rickettsia helvetica in Ixodes ricinus ticks in Sweden. J Clin Microbiol 1998; 37:400-03
4. Fournier PE, Grunnenberger F, Jaulhac B, Gastinger G, Raoult D. Evidence of Rickettsia helvetica infection in humans, eastern France. Emerg Infect Dis. 2000; 6: 389-92.
5. Fournier PE, Fujita H, Takada N, Raoult D. Genetic identification of rickettsiae isolated from ticks in Japan. J Clin Microbiol 2002; 40: 2176-81.
6. Nilsson K,Jaensson TGT,Uhnoo I. et al. Characterization of a spotted fever group
Rickettsia from Ixodes ricinus ticks in Sweden. J Clin Microbiol. 1997; 35:243-247
7. Fournier PE,Allombert C,Supputamongkol Y, Caruso G et al. Aneruptive fever
associated with antibodies to Rickettsia helvetica in Europe and Thailand. J Clin
Microbiol 2002; 42: 816-18
8. Nilsson K. Septicaemia with Rickettsia helvetica in a patient in Sweden with
eruptive febrile illness and long-lasting myasthenia 2007. In Press.
9. Phongmany S,Rolain JC, Phetsouvanh R et al.Rickettsial Infection and Fever,
Vientiane, Laos. Emerg Inf Dis 2006; 12: 256-58.
10. Parola P,Paddock CD, Raoult D. Tick-borne rickettsioses around the world: emerging
diseases challenging old concepts. Clin Microbiol Rev 2005; 18: 719-56. Review.
11. Fournier P,Geunnenberger,Jaulhac B et al. Evidence of Rickettsia
helvetica infection in humans, Eastern France. Emerg Inf Dis 2000; 6: 89-92.
12. Nielsen H,Fournier PE,Pedersen IS et al. Serological and molecular evidence of
Rickettsia helvetica in Denmark. Scand J Inf Dis 2004; 559-63.
13. Nilsson K,Lindquist O,Påhlson C. Association of Rickettsia helvetica with chronic
perimyocarditis in sudden cardiac death. Lancet 1999; 354: 1169-73.
14. Elfving K, Påhlson C, Nilsson K. First isolation of Rickettsia helvetica from patient with meningo-encephalitis confirming the organism as a human pathogen. 2008. Submitted
15. Baganz M, Dross P, Reinhardt JA. Rocky Mountain spotted fever encephalitis: MR Findings. AJNR 1995; 16: 919-922.
16. Jensenius M, Fournier PE, Fladby T, Hellum KB, Hagen T, Priø T, Christiansen MS, Vene S, Raoult D, Myrvang B. Sub-acute neuropathy in patients with African tick bite fever.
Scand J Infect Dis. 2006;38(2):114-8.
17. Leitner M, Yitzhaki S, Rzotkiewicz S et al. Polymerase chain reaction-based diagnosis of mediterranean spotted fever in serum and tissue samples. Am J Trop Med. 2002; 67: 166-69.
18. Choi Y-J, Lee S-H., Par K-H, et al. Evaluation of PCR-based assay for diagnosis of
spotted fever group rickettsiosis in human serum samples. Clin Diagn Lab Immunol.
2005; 12: 59-63.
19. Stenos J, Graves S and Unsworth N. A highly sensitive and specific real-time PCR assay fort the detection of spotted fever and typhus group rickettsiae. Am J Trop Med Hyg. 2005; 73:1083-85.

C Bilagor

Tillstånd från andra myndigheter

ej aktuellt

Eventuella bilagor som skickas in i pappersformat

Kopior på beslut 2002-02-21 från etiska prövningsnämnden Uppsala (Dnr-01-429), och Linköping x 2 (Dnr 01-133; Dnr 03-546)

D Sammanfattande kostnadsbeskrivning / budget för projektet

Total budget

  År 1 År 2 År 3
Kalenderår som avses20092010 
Lönemedel - Sökande2420010000 
Lönemedel - Medarbetare7200036000 
Lönemedel - Assisterande personal16400072000 
Konsulter   
Medicinsk service28300 (Mtrl-kostnader)17000 (Mtrl-kostnder) 
Utrustning20425  
Övrigt6000  
Summa328525  

Total summa

449 725

Andra bidragsgivare

Andra bidragsgivare

Bidragsgivare: Centrum för Klinisk Forskning Dalarna , Bidragstagare: Kenneth Nilsson , Bidragsperiod:2007-2008 (1 år)
Bidrag avsett förDiarienrDatumÄskade medelBeslutsdatumBeviljade medelStatus på ansökan
Projektanslag för doktorandarbete (Karin Elfving)där vi i ett av delprojekten hittade indexpatienten med hjärnhinneinflammation som motiverar denna ansökan till RFR2007/00222007-10-05225 0002007-11-26225 000Beslutad och antagen
Summa kronor  225 000 225 000 

Äskade medel från Regionala forskningsrådet i Uppsala- och Örebroregionen

Personal

Huvudsökande Kenneth Nilsson (KN)
Medsökande (doktorand) Karin Elfving (KE)
Laborativ projektanställd (LP)

Omfattning i projektet (%)
KN - 2%
KE - 25%
LP - 75%

Medicinsk service

Mtrl-kostnader totalt/år:

Serologi
Mikroimmunofluorescens (MIF)glas/buffertar/konjugat 8000
(ca 500 prover där positiva titreras)
Westernblot (membran/reagenser/konjugat) 10000

DNA-extraktion
MagnaPure extrakt.kit 8000
(extraktion av ca 900 likvorprover)

PCR-nested
ready-to-go rör-17kr/reakt, 5100
primer 0,25krx4x300prover,agar/spetsar
realtid-PCR
primer/probe (2300/100reakt,kapillärer) 9200
Odling (flaskor/medium) 5000
SUMMA : 45300

Utrustning

Mini-Protean II Multiscreen apparatus (Bio-Rad, cat.no 170-4017)) 8140 + moms
ger en möjlighet att inkubera med olika serum och konjugat utan risk för
kontamination mellan proverna.

Micropipett: 0,5-10, 2-20, 20-200 (Bio-Rad): 3 x 1,720 + moms.

Flerkanals pipette, 50-300 mikrol flerkanals, 8 kanaler, VWR 7125 + moms

Övrigt

Resor: Läkarstämma resp Infektionsläkarföreningen efterutbildningsdagar. Presentation av nya publikationer ifa poster eller fria föredrag.

Kostnader för publikationer, bildmaterial, trycksaker, foto.

E Projektledarens egen bedömning

Bedömning i vad mån projektet är patientnära

Vi arbetar med material som redan har insamlats från kliniskt sjuka patienter som sökt/söker för besvär som de inte alltid fått någon diagnos för. Vår analys görs i efterhand oberoende av patienten. Både för den patient som lämnat provet och framförallt för senare patienter som söker för liknande besvär kan i slutänden en mer korrekt diagnos ges. Vår hypotes är att fästingburna rickettsiainfektioner som orsak till hjärnhinneinflammation och febertillstånd, både hos vuxna och barn, är en underdiagnostierad och underbehandlad infektionssjukdom. En dokumenterad infektionsrisk kommer att påverka rutiner vid framtida utredning av dessa tillstånd

Bedömning av projektets kliniska betydelse

Innan -97 var det vedertaget att rickettsioser "inte fanns" i Sverige pga brist på kunskap och diagnostik. Därefter har det visat sig att mellan 4-5% av verifierat fästingbitna har serologiska tecken på smitta, man vet att den kan ge influensaliknande febertillstånd men även mera akuta livshotande septiska tillstånd och långdragna infektioner som vid hjärnhinneinflammation. CNS infektionen förekommer både hos barn och vuxna. I en del fall med hjärnhinneinflammation har infektionen bidragit till kroniska kvarstående besvär och risk för men finns. Vi representerar den enda gruppen i Sverige som arbetar med dessa frågor. Det är nu angeläget att fylla ut den kunskapslucka som fortfarande finns kring denna infektion och som dagligen har betydelse för patienter som inte får korrekt diagnos och behandling.

Bedömning av det regionala samarbetet och dess betydelse

Projekten ger möjlighet att klarlägga hur vanlig rickettsiainfektionen är som orsak till hjärnhinneinflammation och ett större material av likvor är därvid nödvändigt för att få en första rättvisande bild av förekomst. Samarbetet innebär en gemensam ansats mellan Mikrobiologen och Infektionsklininiker i Uppsala och Falun för att besvara några grundläggande frågor kring denna infektion, medicinska konsekvenser och i vilken mån det är motiverat att införliva rickettsiadiagnostiken bland rutinanalyserna. Inriktningen passar väl in i den aktuella forskningsprofil som redan finns etablerad på institutionen (UAS) och innebär en förstärkning av den kompetensen. I regionen tillgängliga material används för att på bästa sätt belysa valda frågeställningar.

Publicering

(Referens 14) Elfving K, Påhlson C, Nilsson K. First isolation of Rickettsia helvetica from patient with meningo-encephalitis confirming the organism as a human pathogen. 2008. Submitted till Journal of Clinical Microbiology. Denna publikation representerar index-fallet som motiverar den större undersökningen.
Kommande resultat kommer efter sammanställning att skickas till motsvarande tidskrifter
(J Clin Microbiol/Scand J Inf Dis/J of Infection/Eur J of Clin Microbiol and J Inf Dis)

Bedömning ansökan

Granskningssammanställning

Bedömningar[0.00][0.25][0.50][0.75][1.00][1.25][1.50][1.75][2.00][2.25][2.50][2.75][3.00][3.25][3.50][3.75][4.00][4.25][4.50][4.75][5.00]
Del 1. Patientnära klinisk forskning        2           2
Del 2A. Reg samv - Patientrekrytering, 0.25 poäng per landsting  4                  
Del 2A. Reg samv - Forskare / Handledare, 0.5 poäng per forskare / handledare1 1         1   1    
Del 2A. Reg samv - Doktorand, 0.5 poäng per doktorand1 1 2                
Del 2A. Reg samv - Kliniker, 0.25 poäng per medverkande klinik  3 1                
Del 2B. Reg samv - 3-4 parter ger 0.5, >= 5 parter ger 1.03 1                  
Del 2C. Reg samv - Granskarens värdering1 3                  
Del 3A. Vet kvalitet - Frågeställning            2   2    
Del 3B. Vet kvalitet - Metodik            1   2   1
Del 3C. Vet kvalitet - Kompetens / genomförbarhet            1   1   2
Summa6 13 3   2   5   6   5

Beslut ansökan

Beslutsdatum: 2008-12-04

Kort beskrivning av respektive kostnadÄskade medelBeslut SEKBeslutskommentar
Summa
295000 Huvudsakligen lönekostnader för laborativ personal + delar av material och utrustningskostnader.295 000200 000 
summa295 000200 000 

PCR-baserad diagnostik av fästingöverförd rickettsiainfektion som orsak till hjärnhinneinflammation, en retrospektiv undersökning | Ansökan, från Regionala forskningsrådet i Uppsala- och Örebroregionen
http://www.fou.nu/is/rfr/ansokan/25021