Kan genomisk DNAkopietalsanalys av seropapillär ovarialcancer i FIGO-stadier I-II indentifiera vilka patienter som får recidiv?
Diarienummer : RFR-24691
Ny ansökan RFR oktober 2008
Ansökan påbörjad av : Ingiridur Skirnisdottir, 2008-09-08
Yrkestitel vid ansökningstillfället : överläkare
Arbetsplats vid ansökningstillfället : KK, 96C, Akademiska sjukhuset 50% gynavdelning (avd 23) KK, USÖ 50%
Senast ändrad/åtgärdad av : Ingiridur Skirnisdottir, 2010-03-05
Ansökan inkommen till : Regionala forskningsrådet i Uppsala- och Örebroregionen
Beslutad - beviljad, kostnadsställe redovisat

Sökanden: Ingiridur Skirnisdottir
Läkare, KK, 96C, Akademiska sjukhuset 100 % gynavdelning.

A Övergripande projektinformation

Kön på huvudsökanden

kvinna

Sammanfattning

Trots radikal kirurgi och efterföljande cellgiftsbehandling avlider 20 - 30% av kvinnorna med ovarialcancer i tidiga stadier att av sin sjukdom innan 5 år har gått.I tidigare arbeten (se tidigare ansökan) har prognostisk betydelse av en del markörer (p53, bax, p21, p27, PUMA och c-MYC, EGFR, VEGF-R1,VEGF-R2,VEGF och PTEN) för epithelial ovarialcancer i tidiga stadier undersökts i tumörmaterial där enstaka markörer har blivit idenifierade med immunohistokemi (IHC) och därefter semikvantitativ analys för interpretation. Det finns dock klart storkaliga array-baserade metoder för att identifera DNAkopietal för dessa markörer och resten av genomet där det framgår vilka förändringar på genen som har innträffat. Dessutom skulle det vara mycket värdefullt att se om det går att identifiera enstaka gener eller kombinationer av dessa för att se om patienter som får recidiv skiljer sig från dessa som är botade.

Eftersom epitelial ovarialcancer består av fem histologiska undergrupper (seropapillär, mucinös, endometriod, clearcell och anaplastic) och att profiler av DNAkopital kan variera avsevärt mellan dessa fem histologiska grupper, har vi i projektledningen fattat ett beslut om påbörja arbetet med enbart seropapillär ovarial tumörer ( N=51). Vid senaste genomgång av materialet i september 2006 fanns det uppgifter om 12 recidiv bland dessa 51 fall med seropapillär cancer. Ny uppföljning planeras under senhösten 2008/ januari 2009.

Ett pilot projekt har genomförts där DNAkopietal för 10/51 patienter har uppmätts(5 friska patienter + 5 patienter med recidiv). Högkvalitativt DNA har extraherats från paraffiklossar DNAkopietalsanalys på Uppsala Array Patform har visat att Högkvalitativa DNA kopietals profiler har uppmätts från 8 av de 10 proverna i en första analys. Dessa preliminära resultat visar att analys av de resterande 41 fallen kommer att resultera i ett data set som har goda chanser att identifiera prognostiska markörer för seropapillär ovarialcancer på DNA nivå. Dessa markörer skulle bli av stor vikt för förståelsen för relevant mekanismer och skulle kunna användas för förbättrad behandling av tumörtypen.

---

Medarbetare/Medsökande

Johan Botling
Läkare, Klinisk Patologi och Cytologi, Akademiska sjukhuset

Länstillhörighet:

C

Projektledning:

Ingiridur Skirnisdottir,Johan Botling, Anders Isaksson, Hanna Göransson

Patientrekrytering:

Från ett befintligt material från Uppsala-Örebroregionen på patienter med ovarial cancer stadium I-II

Arbetsenhet:

samtliga patolgavdelningar i Uppsala-Örebroregionen

Bengt Sorbe
Verksamhetschef, Gynonkologiska kliniken, Universitetssjukhuset Örebro

Länstillhörighet:

R

Projektledning:

Ingiridur Skirnisdottir, Johan Botling, Anders Isaksson, Hanna Göransson, Ingiridur skirnisdottir

Patientrekrytering:

Från ett befintligt patient material för ovarialcancer stadium I-II från Uppsala-Örebroregionen

Arbetsenhet:

samtliga patologavdelningar i Uppsala-Örebroregionen

Anders Isaksson
Annan tjänstetitel, Uppsala Array Platform

Länstillhörighet:

C

Projektledning:

Johan Botling,Hanna Göransson, Anders Isaksson, Ingiridur Skirnisdottir

Patientrekrytering:

Befintligt patientmaterial med ovarialcancer I FIGO-stadier I-II från hela Uppsala-Örebroregionen

Arbetsenhet:

Kvinnokliniker Karlstad, Örebro, Eskilstuna, Uppsala, Falun, Gävle och Hudiksvall. Patologavdelningar Karlstad, Örebro, Eskilstuna, Uppsala, Falun, Gävle

Tomas Seidal
Läkare, Patologavdelningen Länssjukhuset i Halmstad

Länstillhörighet:

Halland Värmland

Projektledning:

Johan Botling, Anders Isaksson, hanna Göransson, Ingiridur Skirnisdottir

Patientrekrytering:

Från ett befintligt material med ovarialcancer i FIGO-stadier I-II där samtliga kvinnokliniker i Uppsala-Örebroregionen (förutom Västerås ) är involverade + patologavdelninar i Karlstad, Örebro, Eskilstuna, Uppsala, Falun och Gävle

Arbetsenhet:

Patologavdelningen i Halmstad Universitetet i Karlstad som lektor

Hanna Göranson
Annan tjänstetitel, Uppsala Array Platform

Länstillhörighet:

Uppsala

Projektledning:

ja

Patientrekrytering:

nej

Arbetsenhet:

Uppsala Array Platform,uppsala Universitet

Översikt av projektorganisation

---

Projektstart

2008-03-09

Beräknat projektslut

2011-03-09

---

B Projektbeskrivning

Bakgrund

Trots radikal kirurgi och efterföljande cellgiftsbehandling avlider 20 - 30% av kvinnorna med ovarialcancer i tidiga stadier att av sin sjukdom innan 5 år har gått.
Tidigare studier har inte visat någon skillnad i överlevnad mellan olika behandlingsmetoder i adjuvant behandling för patienter med epitelial ovarialcancer FIGO stadium I-II mellan 2 tidsperioder. Sjukdomsfri överlevnad (DFS) i första patientmaterialet var 71.0% och i det sista 67.3%. Dessa två patientmaterial har legat som grund min framlagda avhandling mars 2002.

Sedan 1.januari år 2000 –31. december 2004 har det varit möjligt att identifiera 143 patienter som har fått adjuvant cytostatikabehandling i Uppsala-Örebroregionen. För dessa 113 patienter som har behandlas med taxane-preparat har recidivfri överlevnad varit 79%. Detta projekt startat som en prospektiv studie vid Kliniken för Gynekologisk Onkologi Universitetssjukhuset i Örebro, men eftersom enbart 48 patienter uppfyllde kriterier har studien utvidgats till samtliga kvinnokliniker i Uppsala-Örebroregionen. Projektet är dock registrerat vid Uppsala Universitet. I tidigare arbeten (se tidigare ansökan) har prognostisk betydelse av en del markörer (p53, bax, p21, p27, PUMA och c-MYC, EGFR, VEGF-R1,VEGF-R2,VEGF och PTEN) för epithelial ovarialcancer i tidiga stadier undersökts i tumörmaterial där enstaka markörer har blivit idenifierade med immunohistokemi (IHC) och därefter semikvantitativ analys för interpretation. Det finns dock storkaliga metoder för att identifera DNAkopietal för dessa markörer och för resten av genomet där det framgår vilka förändringar på genen som har innträffat. Dessutom skulle det vara mycket värdefullt att se om det går att identifiera enstaka gener eller kombinationer av dessa för att se om patienter som får recidiv skiljer sig från dessa som är botade. Validering av de fynd som görs kommer att kunna valideras med Q-PCR. Vissa genomiska förändringar kan vara enklare att validera med Western blot eller IHC i tumören. Dessa markörer är då potentiella biomarkörer för prognos.

Syfte/frågeställning/hypotes

Finns det några nya gener eller DNAkopietalsprofiler som vi kan hitta som har prognostisk betydelse för ovarial cancer? Kan vi hitta motsvarande biomarkers i själva ovarialtumören som har prognostisk betydelse? Detta gäller för epithelial ovarialcancer i FIGO-stadier I-II som har fått adjuvant cytostatika- behandling efter primer kirurgi.Eftersom patienter med behandlingsbar epitelial ovarialcancer finns i första hand bland patienter i tidiga stadier är särskilt viktigt att hitta riskpatienter för recidiv. I dag är man överens om att taket för nyttan med cytostatika är passerat. Framtiden blir en individuell skräddarsydd behandling efter varje tumörs biologiska egenskaper. Resultat från detta projekt kan bidra för att identifiera gener och/eller deras proteiner som har betydelse för överlevnad. Målet är att kunna tillföra goda tumörbiologiska aktörer och blockera de onda där varje patient i framtiden får skräddarsydd behandling enligt varje tumörs biologiska egenskaper. Förbättrad överlevnad för patienter i tidiga stadier med epitelial ovarialcancer är slutmålet. Viktigt med bästa möjliga behandling till denna patientgrupp eftersom majoriteten av dessa är tämligen unga kvinnor till skillnad från patienter med spridd cancer som i regel är äldre. Däremot vet man inte säkert om patienter med epitelial ovarial cancer i tidiga versus sena stadier har samma genprofil, men det finns arbeten gjorda som kan tala för detta.

Design och urval (ex. urval, gruppindelning)

Eftersom epitelial ovarialcancer består av fem histologiska undergrupper (seropapillär, mucinös, endometriod, clearcell och anaplastic) och att genkartor kan variera avsevärt mellan dessa fem histologiska grupper, har vi i projektledningen fattat ett beslut om påbörja arbetet med enbart seropapillär ovarial tumörer ( N=51). Vid senaste genomgång av materialet i september 2006 fanns det uppgifter om 12 recidiv bland dessa 51 fall med seropapillär cancer. Ny uppföljning planeras under senhösten 2008/ januari 2009.

Redovisning av interventionen

Ett pilot projekt har genomförts DNAkopietal har mätts för hela genomet i 10/51 patienter (5 friska patienter + 5 patienter med recidiv).

Ett pilotprojekt har genomförts där DNAkopietal för 10/51 patienter har uppmätts(5 friska patienter + 5 patienter med recidiv). Högkvalitativt DNA har extraherats från alla 10 paraffiklossarna. Vilket visar att klossarna håller en mycket hög kvalité. DNAkopietalsanalys på Uppsala Array Patform har visat att det är relativt enkelt att normalisera data och identifiera förändringar i DNA kopital från 8 av de 10 proverna i en första analys. För de övriga 2 proverna fick vi ut betydligt mindre mängd amplifierat DNA, vilket resulterade i alltför stor experimentell variation. Därför valde vi att inte visa de data från de 2 patienterna. Se bifogad figur 1. Dessa preliminära resultat visar att analys av de resterande 41 fallen kommer att resultera i ett data set som har goda chanser att identifiera prognostiska markörer för seropapillär ovarialcancer på DNA nivå. Dessa markörer skulle bli av stor vikt för förståelsen för relevant mekanismer och skulle kunna användas för förbättrad behandling av tumörtypen.

Sammantaget är det här ett mycket framgångsrikt pilotprojekt som visar att vi kan skaffa oss ett mycket bra dataset om vi får medel att genomföra hela den planerade studien på detta sätt.

Fig.1 DNA kopitalsprofiler över hela genomet för 8 seropaillära ovarialcancerprover
prover markerade i gult har ej fått revcidiv och prover markerade i blått har fått recidiv. Det kan noteras att många stora regioner som omfattar hela kromosomarar har kopitalsförändringar. Amplifieringar grönt och deletioner i rött. överst visas frekvensen av aberrationer i alla proverna.

Figure 1 finns som separat pappersdokument

Metod och datainsamling/ -bearbetning

Detta projekt startat som en prospektiv studie vid Kliniken för Gynekologisk Onkologi Universitetssjukhuset i Örebro, men eftersom enbart 48 patienter uppfyllde kriterier har studien utvidgats till samtliga andra kvinnokliniker i Uppsala-Örebroregionen (KK Centralsjukhuset i Karlstad, KK/ tid Gynonkologiska kliniken/ nuv. Onkologkliniken Akademiska sjukhuset Uppsala, KK Falu lasarett, KK Gävle sjukhus och KK Sjukhuset i Hudiksvall). Materialinsamling är redan slutförd och uppföljning med genomläsning av journaler utfördes augusti-september 2006. Databaser är klara efter uppföljning av samtliga patienter. Totalt finns det 143 patienter som har fått någon form av cellgiftsbehandling. Av dessa har 113 patienter fått taxol / taxotere och har dessa att ingått i första delen av projektet som är slutförd (se publikationslista). I den andra delen av projektet där betydelsen av tidigare uppgivna biologiska markörer skall utvärderas ingår 143 patienter – 10 patienter som har tackat nej till studien = 133 patienter. I denna del av projektet har man jämfört överlevnad och biverkningsprofil mellan två patientgrupper. den ena gruppen har fått adjuvant behandling med taxan-carboplatin och den andra med single-preparat carboplatin ( se publikationslista). Detta arbete är avslutat efter insamling av glas och tillhörande paraffinklossar av formalin fixerat tumör- material från 6 olika patologavdelningar
( Örebro, Eskilstuna och Karlstad i Örebroregionen samt Uppsala,Falun och Gävle från Uppsalaregionen) för IHC (immunohistochemi) och tissue-microarray (multiblock) som utfördes vid Universitetssjukhuset MAS. Arbetet med interpretationen slutfördes under vintern 2007
2007 i Halmstad. Har även planerat för att arbete på Molekylärpatologen, Patologen Akademiska sjukhuset.

Projektet är registrerat vid Uppsala Universitet, men ansvarig forskningssekreterare på kliniken för Gynonkologisk Onkologi Universitetssjukhuset Örebro har hållit i all samordning för projektet. Patologavdelningar i Karlstad, Örebro, Eskilstuna, Falun, Gävle och Uppsala är också involverade med att lämna klossar från tumörmaterial (dock enbart om patienter i livet har givit sitt samtycke).

Det aktuella projektet med DNAkopitalsprofiler som ansökan gäller är därför vidareutvekling från tidigare projekt enligt ovan.

Studiens genomförande

Eftersom epitelial ovarialcancer består av fem histologiska undergrupper (seropapillär, mucinös, endometriod, clearcell och anaplastic) och att genkartor kan variera avsevärt mellan dessa fem histologiska grupper, har vi fattat ett beslut om påbörja arbetet med enbart seropapillär ovarial tumörer ( N=51). Vid senaste genomgång av materialet i september 2006 fanns det uppgifter om 12 recidiv bland dessa 51 fall med seropapillär cancer. Ny uppföljning planeras under senhösten 2008/ januari 2009.

Ett lyckat pilotprojekt har genomförts startat där DNA kopital har mätts för 8 av 10 prover. Därför vill vi nu gå vidare med analyser av de resterande 41 proverna. Därefter kan DNAkopitalsförändringar som samvarierar med överlevnad identifieras och valideras.

---

Forskningsetiska överväganden

Samtliga patienter som ingår i den kliniska studien med 143 patienter som fick adjuvant cytostatikabehandling efter primer kirurgi varaf dessa 113 fick taxan-carboplatin är tillfrågade med ett särskilt informationpapper om de tillåter att vi tar del av tumörmaterial från deras operation för våran forskning. Det fanns 10 patienter som inte ville gi oss sitt tillstånd och detta har vi noggrant bevakat. Ansvarig patolog Tomas Seidal är aktiv i etiska frågor för patologer i Sverige.

Etisk prövning

Ansökan till etikprövningsnämnden är gjord eller planeras

Datum för beslut från etikprövningsnämnden

2007-04-04

Diarienummer på beslut från etikprövningsnämnden

Dnr.2006/120

Etisk prövning behövs ej

Ansvarig forskningsledare bedömer att etisk prövning ej behövs.

---

Referenser

1.Vergote I, Trimbos BJ. Treatment of patients with early epithelial ovarian cancer.
Curr Opin Oncol 2003;15:542-5.

2.Ozols RF.Treatment goals in ovarian cancer. Int J Gynecol Oncol 2005;15:3-11.

3.Young RC. Early-stage ovarian cancer: to treat or not to treat. J Natl Cancer Inst
2003;95:94-5.

4.Young RC, Walton LA, Ellenberg SS et al. Adjuvant therapy in stage I and stage II
epithelial ovarian cancer: results of two prospective randomized trials. N Engl J
Med 1990;322:1021-7.

5.Crinjs APG, Duiker EW, De Jong S, Willemse PHB, Van der Zee AGJ, De Vries EGE.
Molecular prognostic markers in ovarian cancer: toward patient-tailored therapy. Int
J Gynecol cancer 2006;16:152-65.

6.Scott M, McCluggage WG. Current concepts in ovarian epithelial tumorigenesis:
correlation between morphological and molecular data. Histol Histopathol 2006;
21:81-92.

7.Jochumsen KM, Tan Q, Hölund B, Kruse TA, Mogensen O. Gene expression in epithelial
ovarian cancer: a study of intratumor heterogeneity. . Int J Gynecol cancer 2007;
17:1-7.

8. Partheen K, levan K, österberg L, Claesson I, Fallenius G, Sundfelt K, Horvath G.
Four potential biomarkers as prognostic factors in stage III serous ovarian
adenocarcinomas. Int J Cancer 2008; 123:2130-7.

C Bilagor

Eventuella bilagor som skickas in i pappersformat

1)Samtliga intyg från etiska prövningar

2)Fig.1 DNA kopitalsprofiler över hela genomet för 8 seropaillära ovarialcancerprover

---

D Sammanfattande kostnadsbeskrivning / budget för projektet

Total budget

Total summa

340 000

Andra bidragsgivare

---

E Projektledarens egen bedömning

Bedömning i vad mån projektet är patientnära

För egen del kan projektet anses patientnära efersom jag själv opererat vissa patienter och fortsatt följa dessa efter avsluttat cellgiftsbehandling.

Bedömning av projektets kliniska betydelse

Slutgiltigta resultat och slutsatser gagnar inte de patienter som ingår i detta projekt eftersom de är redan behandlade, men kan i bästa fall vara till stor nytta för kommande patienter ssk gällande prognos och behandling.

Bedömning av det regionala samarbetet och dess betydelse

Detta projekt måste vara ett bra exempel på regionalt samarbete eftersom samtliga (7) kvinnokliniker i Uppsala-Örebroregionen (förutom KK Vesterås) är involverade, 2 onkologkliniker (Kliniken för Gynekologisk onkologi, Universitetssjukhuset Örebro och Onkologkliniken, Akademiska sjukhuset Uppsala) och samtliga Patologavdelningar (förutom Vesterås) i Uppsala-Örebroregionen.

Publicering

det slutgiltiga målet med detta projekt är publicering men detta blir inte realistiskt innan ca 2 år har gått dvs om vi inventar resultat och tolkning på samtliga 51 fall.

---

F Vetenskaplig redovisning - gäller endast för fortsättningsansökningar

Rapporteringsläge

Lägesrapport

Ekonomisk redovisning

Kostnad för extraction av DNA efter microdissektion från paraffinklossarna 750 kr/fall
.
Faktura från Mol. Pat. för 10 fall blir = 7500 kr.

kostnad för FFPE analys på 250K arrayer för 10 fall där kostnad är 5870 kr / prov

Faktura från Uppsala Array Platform blir = 58700 kr.

Total kostnad blir = 66.200 kr